Bei der Bombardierung Helgolands am 18. April 1945 wurden große Teile der Insel und ihrer Bebauung vollständig zerstört. Auch das Gebäude der Kirchengemeinde St. Nicolai fiel dieser Zerstörung zum Opfer. Erst im Jahre 1952, nach der Wiederfreigabe der Insel am 01. März, konnten die Helgoländer mit dem Wiederaufbau beginnen. So wurde auch die Kirche neu errichtet:
Am 1. Advent 1958 war Grundsteinlegung und am 1. Advent 1959 konnte die St. Nicolai Kirche eingeweiht werden. Benannt ist sie nach dem heiligen Nikolaus, dem Schutzpatron der Seefahrer.
Zur Wiederfreigabe Helgolands wurden der Kirchengemeinde zwei Glocken gestiftet. Diese mussten zunächst in einem Gerüst aufgehängt werden, da die neue Kirche erst noch gebaut werden musste. Die kleinere Glocke befindet sich heute auf dem Friedhof der Namenlosen auf der Düne.
Die große Helgolandglocke befindet sich im Glockenturm der St. Nicolai Kirche und ist die größte Glocke in unserem Geläut. Sie ist an hohen kirchlichen Feiertagen, zum Gedenken der Wiederfreigabe Helgolands und zum Gedenken der Bombardierung Helgolands zu hören.
Der Schriftzug auf der Vorderseite ist ein Auszug aus dem 23. Psalm, der für die Helgoländer während der Evakuierungszeit von großer Bedeutung gewesen ist. Unter diesem Leitsatz „Er führet mich“ haben sie sich oft zu Gottesdiensten versammelt. Auf der Rückseite ist der helgoländische Satz „Weer drenn ip Lunn“ zu lesen, was sich am besten übersetzen lässt mit „Wieder zu Hause auf Helgoland“.
Das Innere der Kirche zieren diverse Votivschiffe. Sie sind Modelle echter Boote bzw. Schiffe, die von den Kapitänen gestiftet wurden als Dank an Gott für die Rettung aus Seenot. Die Übergabe eines solchen Votivschiffs erfolgt mit der Kommandoübergabe an die Pastorin / den Pastor.
